โครงการสัตวแพทย์สัญจร เริ่มดำเนินการตั้งแต่ปี พ.ศ. 2542 เป็นโครงการที่สัตวแพทย์ของศูนย์อนุรักษ์ช้างไทยได้ออกทำการรักษาพยาบาลช้างป่วยตามสถานที่ต่าง ๆ ที่ได้รับการร้องขอโดยไม่คิดมูลค่า และหากเห็นว่าช้างป่วยมีอาการหนักต้องดูแลอย่างใกล้ชิดก็จะเคลื่อนย้ายช้างดังกล่าวมาทำการรักษาพยาบาลยังโรงพยาบาลช้าง ศูนย์อนุรักษ์ช้างไทย นอกจากนี้แล้วยังได้จัดโปรแกรมออกตรวจเยี่ยมสุขภาพช้างเพื่อเฝ้าระวังป้องกันโรค ฉีดวัคซีน ฉีดยาถ่ายพยาธิ ให้วิตามินอาหารเสริม และแนะนำเรื่องสุขภาพโดยมีช้างที่ได้รับการดูแลรักษาจำนวน 3,643 เชือก ระหว่างเดือน มกราคม ถึง ธันวาคม มีช้างที่ได้รับการดูแลสุขภาพและรักษา รวมทั้งสิ้น 2,424 เชือก 2,427 ceases ครอบคลุมพื้นที่ทั่วประเทศไทย โดยจะมีการประสานงานร่วมกันกับกองทุนรักษ์ช้างภาคเหนือ และกรมปศุสัตว์
                           นอกจากนี้งานสัตวแพทย์ ศูนย์อนุรักษ์ช้างไทยยังได้ช่วยควบคุมช้างอาละวาด ช้างตกมัน ตามที่ได้รับการร้องขอในพื้นที่ภาคเหนือ โดยไม่คิดมูลค่า โดยร่วมมือกับ World Society for the Protection of Animal (WSPA).